Samordning og samarbeid var en viktig faktor for suksessen til MARKOM 2020. For å sikre samarbeid mellom institusjonene på det faglige nivået har konsortiet beskrevet arbeidsgruppen i konsortiumavtalen: «I samråd med styret kan koordinator også opprette en egen arbeidsgruppe for å bidra til utvikling av samarbeidsprosjekter. Arbeidsgruppen består av fagpersoner representert fra hver av institusjonene i konsortiet. Arbeidsgruppens arbeid ledes av programledelsen for MARKOM II. 

Arbeidsgruppen har følgende mandat: Arbeidsgruppen skal bidra i arbeidet med å skape gode samarbeidsrelasjoner mellom fagmiljøene, fremme forslag til prosjekter for styret og bidra i arbeidet med gjennomlesing og innstilling av prosjektsøknader. Arbeidsgruppen må være utviklingsorientert og være en arena for faglig kommunikasjon. 

Arbeidsgruppen har fysiske og digitale møte sammen med programledelsen. Når prosjektbeskrivelsene er levert fra intuisjonene vil medlemmene i arbeidsgruppen sammen med programledelsen gjennomgå disse. Prosjektbeskrivelsene vil bli vurdert i forhold til kriteriene HK-dir har satt i sin utlysning. 

Medlemmer fra arbeidsgruppen deltar også i møter med næringen.